Kształtowanie sfery duchowej jest pierwszym zadaniem w procesie wychowania.

Każdy dzień życia w szkole rozpoczyna się od modlitwy. Codziennie rano, 10 minut przed lekcjami, cała wspólnota szkolna spotyka się w kaplicy, by prosić Boga o błogosławieństwo na nowy dzień pracy, rozważać słowo Boże i śpiewać Panu chwałę. Siostra Dyrektor w każdy poniedziałek nowy tydzień rozpoczyna modlitwą i refleksją, w pozostałe dni tygodnia modlitwę poranną prowadzą uczniowie.

Wszystkie ważne wydarzenia szkolne zawsze połączone są z Mszą Świętą, która stanowi centrum uroczystości. Rozpoczęcie i zakończenie roku, ślubowanie uczniów klas pierwszych, egzaminy maturalne i rozdanie matur, spotkanie opłatkowe z rodzicami, a także pierwsze piątki miesiąca i święta religijne przypadające w dni powszednie – to wszystko okazje do wspólnego celebrowania Eucharystii. Ze szkołą współpracuje kilku kapłanów, a wielu jest gośćmi zapraszanymi z różnych okazji.

Co roku w maju Ksiądz Prymas przyjmuje na audiencji grupę maturzystów i błogosławi im na dalsze życie.

Katechezę w szkole prowadzą siostry. W każdej klasie są dwie godziny katechezy tygodniowo, w czasie których jest okazja do rozmowy na temat wiary i formacji chrześcijańskiej, ale także czas na zdobywanie konkretnej wiedzy religijnej z zakresu egzegezy biblijnej, teologii i historii Kościoła. W trzeciej klasie liceum uczniowie piszą obszerną pracę dyplomową na temat uzgodniony z siostrą katechetką. Każdego roku organizowany jest w szkole trzystopniowy konkurs biblijny. Uczniowie odnoszą też sukcesy w konkursach zewnętrznych.

Ważnym aspektem życia religijnego szkoły są rekolekcje. W adwencie trwają jeden dzień, w Wielkim Poście trzy dni. Odbywają się najczęściej w szkolnej kaplicy, prowadzą je zaproszeni kapłani.
Każdego roku rekolekcje przeżywają też nauczyciele i rodzice.

Innym ważnym elementem życia religijnego szkoły są pielgrzymki. Zawsze na Jasną Górę udają się ze swoimi wychowawczyniami klasy pierwsze na początku roku szkolnego i klasy trzecie przed maturą. Wielu uczniów w czasie wakacji bierze udział w pieszych pielgrzymkach na Jasną Górę. Od kilku lat grupa młodzieży uczestniczy w wielkim modlitewnym spotkaniu młodych w Lednicy oraz w spotkaniach z wspólnotą z Taize w różnych miejscach Europy. Uczniowie z siostrami wyjeżdżają także na Światowe Dni Młodzieży.  W Roku Jubileuszowym odbyła się pierwsza w dziejach szkoły pielgrzymka do Ziemi Świętej. Wielka podróż przez Włochy, Grecję i Cypr do ojczyzny Jezusa stanowiła jeden z ważniejszych elementów święcenia przez młodzież naszej szkoły Jubileuszu Chrześcijaństwa.

Ostatnio – w październiku 2007 r. – spora grupa uczniów, rodziców i nauczycieli wraz z siostrami uczestniczyła w uroczystej beatyfikacji Założycielki Zgromadzenia Sióstr Zmartwychwstanek Matki Celiny Borzęckiej.